As Comissões Bipartites nasceram da necessidade de transformação da situação demarcada pelo arcabouço legal do Sistema Único de Saúde (SUS) em 1993, que requeria um novo desenho para um processo de transição no qual medidas de caráter inovador atingiam todos os estados e municípios em diferentes graus de intensidade, compatíveis com a sua própria vontade e capacidade de absorver realidades gerenciais e políticas.