Contexto Histórico
Em 28 de novembro de 1975, através da Lei nº 3.681, que estabelecia a estrutura administrativa estadual, foi criado o Serviço de Laboratório de Saúde Pública, dentro do Departamento de Medicina Preventiva e Estatística.
Inicialmente vinculado ao Centro de Saúde da Rua 13 de junho e realizando exames simples, o Laboratório Central foi gradativamente incorporando novos exames, o que fez com a estrutura deixasse de ser apenas um serviço vinculado ao Centro de Saúde para tornar-se o Laboratório Central de Saúde Pública - LACEN-MT, com uma diretoria e uma coordenadoria técnica. Nessa estrutura eram realizados exames básicos de análises clínicas de rotina e de alguns agravos de Notificação Compulsória.
Através da Lei Complementar nº 179, de 13 de julho de 2004, publicada no Diário Oficial do Estado de Mato Grosso, foi criado o MT Laboratório, o qual abrigou a estrutura administrativa do LACEN. Diante das atribuições e da complexidade das ações, houve a necessidade de uma reestruturação do organograma para atender o perfil de um laboratório de saúde pública.
Em 2004, com a publicação da Portaria 2.031/GM, que dispõe sobre a organização do Sistema Nacional de Laboratórios de Saúde Pública - SISLAB - todos os LACEN - Laboratórios Centrais de Saúde Pública do Brasil, passam a ser Laboratórios de Referência Estadual, vinculados às Secretarias Estaduais de Saúde.
Em 21/07/2015, através do Decreto 199, é revogada a Lei complementar nº 179/2004, extinguindo o MT Laboratório e retornando a nomenclatura LACEN, mas mantendo a mesma estrutura organizacional.